En 1999, un nuevo Atos se unió a la línea de Hyundai en un esfuerzo por mejorar las malas críticas iniciales.
El coche estaba equipado con el motor Epsilon de 4 cilindros en línea que desarrollaba 55 CV. Dos años más tarde, el automóvil recibió una versión mejorada de eso, con un arranque de 58 HP y también una nueva caja de cambios automática de 4 velocidades como opción. El interior recibió un cambio de imagen para evitar que los acabados se vieran tan baratos. Si bien el automóvil era mejor que el modelo original, todavía estaba muy lejos de lo que el público pensaba que debería ser un automóvil urbano. Se iban a realizar más mejoras con la introducción del modelo 2005, llevando la calidad a un nivel decente.