El nombre de Lincoln Zephyr se remonta a finales de la década de 1930, cuando se fabricó como disponible como un sedán de lujo, y el modelo 2005 apuntaba al mismo segmento.
Si bien un V12 no lo impulsó como su ilustre predecesor, el Zephyr 2006 brindó más comodidad y potencia que eso. Ford construyó el Zephyr en la misma plataforma que el Mazda 6, pero con una distancia entre ejes más larga para brindar más comodidad a los pasajeros traseros.

Su parrilla delantera cromada exageró su aspecto en forma de cuña con listones verticales en la parte delantera y los faros angulares. El automóvil presentaba luces traseras anchas divididas entre los paneles de los cuartos traseros y la tapa del maletero en la parte trasera. Tal vez su cabina larga parecía demasiado conservadora, pero de hecho cumplía su propósito de acomodar cómodamente a cinco pasajeros.

En el interior, el Zephyr presentaba un tablero de instrumentos casi vertical con una apariencia elegante y salidas de aire circulares. Lincoln instaló un sistema de infoentretenimiento de 10 bocinas con una pantalla táctil y un reproductor de CD desarrollado junto con el especialista THX en la consola central. Las molduras de aluminio y madera hicieron que el automóvil se viera muy elegante. Había espacio para cinco en la parte trasera, gracias a un túnel de transmisión más bajo, que se utilizó para las versiones con tracción total. Su respaldo plegable dividido 60/40 para el banco trasero permitió un aumento para el baúl ya de tamaño impresionante.

Debajo de la carrocería, el Zephyr presentaba suspensión independiente en todas las esquinas. Su motor V-6 proporcionado por Ford presentaba una sincronización variable del árbol de levas y estaba emparejado con una transmisión automática estándar de seis velocidades.