Basado en la serie W203 Clase C, la segunda generación del elegante coupé CLK de Mercedes-Benz se presentó en marzo de 2002 en el Salón del Automóvil de Ginebra, y la producción y las ventas comenzaron en junio del mismo año.
El cupé vino con muchas características estándar, tanto para la comodidad como para la seguridad. Otra mejora con respecto a la generación anterior, el C208, fue la eliminación del pilar B, lo que le dio al automóvil un aspecto más convertible.

En comparación con su predecesor, el C209 CLK es 71 mm más largo, alcanzando una longitud de 4652 mm (183,1 in), 18 mm más ancho hasta un ancho de 1740 mm (68,5 in) y 42 mm más alto hasta 1413 mm (55,6 in) para proporcionar más espacio interior.

Debajo del capó, en el lanzamiento, había siete motores disponibles con potencias que iban desde 163 hp hasta 367 hp. Se agregaron nuevos chasis y la última tecnología de Mercedes-Benz para ofrecer una experiencia de conducción única en su clase. Seis de los motores son nuevos desarrollos o mejoras, proporcionando más potencia y par que sus predecesores.

Una nueva generación de motores de cuatro cilindros celebró el debut en el modelo: los motores CGI, con inyección directa de gasolina. El sistema TWINPULSE combina numerosas tecnologías para garantizar un bajo consumo de combustible y el refinamiento de una unidad de seis cilindros en una de cuatro cilindros. El CLK 200 CGI tenía 170 hp. Se ofrecieron tres motores diésel con una cilindrada que oscila entre 2,1 y 3,0 litros y potencias entre 150 y 224 CV.