En 1999, Peugeot introdujo una actualización del ciclo de vida media para la gama 406 y, junto con el sedán y el cupé, también se actualizó la versión familiar.
Peugeot disfrutó de un gran éxito con la línea 406 y, gracias a su vasta experiencia con las camionetas, también introdujo una carrocería de este tipo para su competidor del segmento de tamaño medio. Pero después de algunos años en el mercado, el automóvil ya parecía viejo, y Peugeot tuvo que enfrentarse a la nueva ola de la tendencia del biodiseño que impulsó al Mondeo a la cabeza en las listas de ventas.

En la parte delantera, el fabricante de automóviles francés se deshizo de la rejilla de listones del modelo ‘96 y la reemplazó con una rejilla de malla negra. Los faros recibieron un nuevo ángulo en su parte superior y se veían más agresivos. Peugeot acortó la parrilla sonriente en el faldón, la remodeló y agregó un par de faros antiniebla: a partir de ahora, no más caras sonrientes para la gama 406. En la parte trasera, el fabricante de automóviles no consideró hacer ningún cambio.

En el interior, hubo más cambios en el tablero. El fabricante de automóviles instaló un nuevo panel de instrumentos con diales más grandes y anillos cromados alrededor. En la consola central rediseñada, había nuevos controles para el sistema HVAC y también un nuevo sistema de sonido. En la parte trasera, la 406 Station Wagon proporcionaba espacio suficiente para tres pasajeros y un maletero grande de 526 litros (18,6 pies cúbicos) con todos los asientos en su lugar y hasta 1.741 litros (61,5 pies cúbicos) con el banco plegado.

El fabricante de automóviles ofreció una amplia selección de motores que oscilan entre 90 hp y 210 hp bajo el capó. Como novedad para el modelo de 1999, la automotriz presentó los nuevos motores HDI de 2.0 litros disponibles con 90, 110 y 136 hp, respectivamente.