Si la primera generación del SEAT Córdoba compartía muchas piezas con el Volkswagen Polo 3, la segunda generación hace lo propio con la cuarta edición del Polo así como con el Skoda Fabia del que recibió múltiples motores y chasis.
Este nuevo Cordoba estaba disponible en múltiples configuraciones de motor, comenzando con un 1.2 litros de 12 válvulas y terminando con un 2.0 litros. Las versiones familiar y cupé ya no se incluyeron en esta segunda generación de Córdoba, siendo el sedán el único sabor disponible. Lanzado en 2003, la exportación del SEAT Córdoba en el Reino Unido se detuvo en 2006.