Skoda presentó el Fabia en 1999 en el Salón del Automóvil de Frankfurt.
Compartió plataforma con el Seat Ibiza y el Volkswagen Polo Mk IV. Al año siguiente, el fabricante de automóviles checo presentó la versión familiar.

Skoda Fabia Combi era el coche pequeño con actitud de segmento compacto. Combi era el nombre utilizado por la mayoría de los países de Europa del Este para las formas de carrocería de las camionetas, y la marca checa lo usó en la línea Feliceia, antes de que Volkswagen Group lo comprara.

El diseño de Fabia era de estilo checo-cubista, con formas angulosas, incluidos los faros y la parrilla. Con su techo arqueado, el resto del automóvil era moderno y dictado por las nuevas tendencias de diseño en la industria automotriz. A diferencia del Seat Ibiza Vario (camioneta), el Fabia Combi presentaba un portón trasero arqueado.

En el interior, el automóvil presentaba el mismo tablero curvo que el hatchback Fabia. Los únicos elementos rectangulares a bordo eran las salidas de aire. Un grupo de instrumentos fácil de leer y entender presentaba diales distintos para el velocímetro y el tacómetro e indicadores montados en la parte superior para el nivel de combustible y la temperatura del refrigerante. En la parte delantera, los asientos eran sencillos, con algunos ajustes. El fabricante de automóviles instaló un banco plegable dividido en la parte trasera, que podría expandir el maletero de sus 530 litros (18,7 pies cúbicos) estándar a 1395 litros (49,2 pies cúbicos).

Debajo del capó, Skoda instaló una selección de cuatro motores de gasolina y cinco diésel. Todos ellos estaban acoplados a una caja de cambios de 5 velocidades.