En medio de la crisis financiera mundial, Skoda tuvo que actualizar la línea de Fabia y mantuvo su motor en marcha mientras otras grandes marcas colapsaban.
Aunque no era el mejor momento para invertir en mejoras, el fabricante de automóviles checo tuvo que actualizar la línea de Fabia y actualizarla a los estándares de emisiones Euro 5, que debían entrar en vigor en enero de 2009. La versión familiar, denominada combi , ofreció un equilibrio adecuado entre la longitud del automóvil, el espacio de la cajuela y el precio total. Fue una elección inteligente para las familias jóvenes.

El modelo renovado presentaba nuevos faros con un diseño inclinado hacia atrás. Para los niveles de equipamiento superiores, presentaban faros de xenón estándar. Su nuevo diseño de parrilla con lamas verticales y una barra cromada en la parte superior lucía el emblema verde de Skoda. Skoda instaló paneles de cuartos traseros extendidos para la versión de camioneta que los del hatchback y montó un spoiler de techo en la parte superior de la puerta trasera.

En el interior, el fabricante de automóviles cambió el diseño de los diales con nuevas letras y la consola central presentó un nuevo sistema de sonido. Al igual que la versión no remodelada, el Fabia Combi presentaba dos asientos en la parte delantera y un banco plegable dividido en la parte trasera. Los usuarios podrían haber ampliado el tamaño del maletero de unos decentes 480 litros (16,9 pies cúbicos) a 1226 litros (43,3 pies cúbicos). Eso fue más de lo que la mayoría de los hatchbacks podían ofrecer.

Skoda cambió los antiguos motores de 1.4 y 1.6 litros debajo del capó con una nueva unidad turboalimentada de 1.2 litros desarrollada para cumplir con los estándares de emisiones Euro 5. Skoda también reemplazó la antigua caja de cambios automática de 6 velocidades suministrada por Aisin con una nueva caja de cambios automática de 7 velocidades (doble embrague) del Grupo Volkswagen.