El modelo 1999 de Skoda Fabia representa la primera generación del automóvil que estaba disponible en múltiples estilos de carrocería, incluido un sedán de 4 puertas, apodado Fabia Sedan, un hatchback de 5 puertas y un familiar de 5 puertas, también llamado Fabia Combi.
La primera generación se presentó oficialmente en septiembre de 1999 en el Salón del Automóvil de Frankfurt, mientras que la producción se inició un mes después. Fabia vino en múltiples configuraciones de motor, que van desde 1.2 gasolina y 2.0 diesel, produciendo entre 55 y 115 caballos de fuerza. Skoda Fabia tenía múltiples rivales en la clase pequeña, incluidos Ford Fiesta, Fiat Punto, Citroen C3, Peugeot 206 y Renault Clio.