Ante una creciente demanda de vehículos pequeños pero espaciosos, Toyota decidió construir una minivan basada en su conocido Yaris.
En 1997, Toyota presentó el prototipo Reference en el Salón del Automóvil de Tokio, y fueron pocos los que confiaron en el fabricante de automóviles para lanzarlo como modelo de serie. Pero el concepto se hizo realidad dos años después, cuando el fabricante de automóviles introdujo el Fun Cargo en el mercado japonés. Poco después, Toyota exportó el automóvil a otros mercados con el nombre de Yaris Verso. En 2003, Toyota mejoró el vehículo y lo hizo más seguro y con una gran eficiencia de combustible.

Para la versión remodelada, Toyota mejoró la fascia delantera del Verso e instaló faros con lentes transparentes. El parachoques pasó por una leve actualización e incluyó tomas de aire laterales que simulaban tomas de aire para enfriar los frenos y una rejilla ancha en la parte inferior del parachoques. De sus costados, los diseñadores no pudieron hacer nada más para mejorar el aspecto alto y cuadrado de la carrocería y, a pesar de algunos rumores, tampoco pusieron puertas corredizas y mantuvieron el portón trasero con un sistema de apertura lateral.

En el interior, hubo algunos cambios generales menores, pero el automóvil finalmente recibió un reproductor de CD en lugar del antiguo reproductor de casetes. Según el nivel de equipamiento, el Yaris Verso presentaba botones en el volante, que era básicamente la mayor mejora.

Bajo el capó, Toyota instaló nuevos motores Euro 4 para cumplir con la normativa europea. Sus motores oscilaban entre un turbodiésel de 75 hp y una animada unidad VVTi de 1.5 litros que proporcionaba 106 hp.