En 2016, Audi a présenté une dernière mise à jour pour la première génération Q3 avec quelques détails qui différenciaient la S-Line du reste du pack.
Le Q3 était le multisegment compact qui essayait de faciliter la vie en ville et en dehors, sans crainte de situations hors route légères ou lorsque la neige dans les rues était plus haute qu’une paire de talons aiguilles. Avec sa dernière mise à jour, la S-Line a tenté d’attirer davantage l’attention des hommes puisque la plupart des clients du Q3 étaient des femmes.

À l’extérieur, le S-Line Q3 présentait une nouvelle partie avant. Les entrées d’air extérieures étaient plus étendues; la lame sous le canal central était finie dans la couleur de la carrosserie et la calandre Singleframe était gris pierre. Ses entrées d’air extérieures étaient divisées horizontalement. La protection du soubassement a été finie dans un ton argent mat sur les pare-chocs avant et arrière. Alors que la plupart des versions S-Line des autres modèles Audi comportaient des capuchons de rétroviseurs extérieurs argentés, le Q3 a conservé les versions couleur carrosserie, comme le reste de sa gamme.

À l’intérieur, la version 2016 présentait un look similaire au reste de la bande, à l’exception du volant qui était rehaussé du logo S-Line sur le rayon inférieur. Les concepteurs ont installé quelques autres inserts en aluminium sur les sections supérieures des portes et la console centrale.

Audi a proposé le pack S-Line pour le Q3 sur toute la gamme de moteurs, à l’exception du SQ3, qui était un vrai modèle S, pas seulement un pack esthétique.