Une version plus puissante de l’Audi A3 a été introduite en 1999 sous la plaque signalétique d’Audi S3.
La S3 a partagé sa plate-forme avec la TT, ainsi qu’avec la VW Golf, la Seat Leon et la Skoda Octavia.

Le modèle rénové a vu le jour en 2001 et présentait à la fois des mises à jour de la conception extérieure et des performances améliorées.

Esthétiquement, les changements les plus importants étaient les nouveaux clignotants qui étaient désormais intégrés dans les phares, les ailes avant révisées et les feux arrière. À l’intérieur, la garniture intérieure a été légèrement améliorée avec une horloge numérique et différents packs audio.

Le moteur à essence turbocompressé de 1,8 litre a été amélioré avec une technologie de calage variable des soupapes, la nouvelle S3 bénéficiant désormais d’un boost de 15 ch.

Les caractéristiques standard disponibles avec le S3 comprenaient des phares au xénon HID, des lave-phares, des antibrouillards, des jantes en alliage de 17 pouces, des sièges en cuir Recaro, la climatisation, un contrôle de traction électronique et un programme de stabilité électronique.

Les options autonomes comprenaient un système audio Bose haut de gamme, un changeur de CD à 6 disques monté sur le coffre, une peinture métallisée, de plus grands alliages de 18 pouces, un toit ouvrant en verre, une aide au stationnement, des sièges avant chauffants, un régulateur de vitesse et des combinaisons en cuir de rembourrage des sièges.

Bien que commercialisée sous le nom de “Quattro”, la S3 était en fait équipée d’un système Haldex conçu pour ajuster la traction en fonction du niveau d’adhérence.

L’Audi S3 n’était pas disponible à l’achat sur le marché nord-américain.