En 2006, Audi a présenté la deuxième génération de la version S3.
Il était disponible en version 3 et 5 portes. C’était la hot-hatch la plus puissante du marché.

Audi a commencé la révolution de la transmission intégrale permanente dans les années 80 lorsque la première Audi S1 Quattro a été introduite sur la scène du rallye et a remporté victoire après victoire de ses adversaires. Depuis lors, tous les modèles Audi S étaient équipés d’une transmission intégrale et la S3 n’a pas fait exception.

De l’extérieur, elle ressemblait presque à une Audi A3 ordinaire, mais peu d’indices pouvaient faire la différence. La calandre avant à cadre unique était entourée d’une bordure argentée. L’ensemble aérodynamique était différent et les rétroviseurs extérieurs étaient également argentés. À l’arrière, un aileron de toit améliorait le flux aérodynamique vers l’arrière. Sous le pare-chocs, deux sorties d’échappement affichaient discrètement leur présence.

À l’intérieur, la S3 était équipée de sièges baquets sport à l’avant. Les pédales, le pommeau de vitesse et les bouches d’aération étaient en aluminium. Le badge S3 rouge et argenté a également été trouvé sur les sièges en cuir et le volant.

Le groupe motopropulseur était un moteur à essence de 2,0 litres à injection directe de carburant et turbocompresseur. Il pouvait augmenter jusqu’à 1,2 bar de pression (17,4 psi), ce qui était inhabituel pour un véhicule de série. La puissance est allée aux quatre roues via une boîte manuelle à 6 vitesses montée de série et un différentiel central Haldex.