Le modèle Audi S4 de troisième génération a fait ses débuts à la mi-2003 et était disponible pour le grand public dans trois styles de carrosserie - berline/berline, break/wagon et cabriolet.
Basée sur la toute nouvelle plate-forme Volkswagen Group B6 d’A4, la S4 Avant bénéficiait de la même longueur d’empattement que la berline S4 et présentait les mêmes changements en termes de design extérieur : calandre plus large, garnitures de portes plus basses et rétroviseurs révisés. Cette génération de S4 Avant était équipée d’un nouveau moteur V8 de 4,2 L de 344 ch (remplaçant l’unité de 2,7 L de la S4 de 1997) et était livrée avec un choix de deux transmissions : manuelle à 6 vitesses standard et tiptronic à 5 vitesses. Ce modèle a été remplacé par une Audi S4 basée sur la plate-forme B7 en 2005.