Après le lancement de la deuxième génération du break A6 en 1998, Audi a présenté la version plus puissante S6 Avant en 1999, ainsi que la S6 Sedan.
La deuxième génération de l’Audi S6 Avant était basée sur la plate-forme C5 nouvellement développée. C’était plus qu’une A6 Avant avec différents badges. Elle était proposée avec des moteurs plus puissants et des suspensions plus rigides qui plaçaient la voiture sur la route. La transmission intégrale était de série.
Il y avait quelques différences entre la féroce S6 Avant et une A6 Avant ordinaire. Les jantes en alliage léger avaient le design inspiré de l’Audi TT. Les ailes avant et les seuils étaient légèrement plus larges. La suspension abaissée et renforcée a été spécialement conçue pour la gamme S6. Deux pots d’échappement avec embouts chromés étaient montés de série sur la voiture. Un badge sur la calandre et un à l’arrière complètent les différences extérieures.
À l’intérieur, la S6 comportait des sièges surélevés pour les passagers avant, ce qui assurait un meilleur soutien latéral dans les virages. Un ensemble de sièges baquets sport conçus par Recaro figurait sur la liste des options. La banquette arrière rabattable a été conservée, juste au cas où quelque chose de long et de lourd devait être livré rapidement à l’autre bout du pays.
Côté ingénierie, la S6 Avant était une voiture complètement différente du reste de la gamme A6. Le système de traction intégrale a été réglé pour la performance, avec un différentiel central Torsen et des blocages de différentiel électroniques à l’avant et à l’arrière (EDL) gérés par le système Bosch ESP. Le moteur était un V8 de 4,2 litres développant 340 ch, soit 40 de plus que l’Audi A6 standard de 4,2 litres. La voiture était disponible avec une boîte manuelle à 6 vitesses ou une automatique à 5 vitesses, avec commande manuelle pour changer de vitesse (Tiptronic).
