En 1999, un nouvel Atos a rejoint la gamme Hyundai dans le but d’améliorer ces mauvaises critiques initiales.
La voiture était équipée du moteur Epsilon straight 4 qui développait 55 CV. Deux ans plus tard, la voiture a reçu une version améliorée de celle-ci, développant 58 CV et également une nouvelle boîte de vitesses automatique à 4 vitesses en option. L’intérieur a été relooké pour éviter que les finitions ne paraissent si bon marché. Bien que la voiture soit meilleure que le modèle d’origine, elle était encore loin de ce que le public pensait qu’une citadine devrait être. D’autres améliorations allaient être apportées avec l’introduction du modèle 2005, amenant la qualité à un niveau décent.