La version 2002 du modèle lifting a apporté peu de modifications du corps extérieur ainsi que des modifications internes.
Une version HDI avec rampe commune a été ajoutée pour le 1.9 Diesel ainsi que certaines versions HDI des moteurs à essence 1.4, 1.6 et les moteurs 2.0 nouvellement ajoutés.

Les tendances des moteurs plus propres ont forcé Peugeot à réduire les émissions en équipant ses véhicules de meilleurs filtres à particules et pots catalytiques et à cet égard, la nouvelle 206 était moins polluante que la précédente. Réactive et sûre, la 206 a également obtenu 4 étoiles sur 5 pour la sécurité des occupants adultes lors des tests EuroNCAP.