En 1999, Peugeot a introduit un rafraîchissement de mi-vie pour la gamme 406 et, avec la berline et le coupé, la version break a également été mise à niveau.
Peugeot a connu un énorme succès avec la gamme 406 et, grâce à sa vaste expérience avec les breaks, il a également introduit une telle carrosserie pour son concurrent du segment intermédiaire. Mais après quelques années sur le marché, la voiture avait l’air déjà vieille, et Peugeot a dû faire face à la nouvelle vague de tendance bio-design qui a propulsé la Mondeo en tête des ventes.

À l’avant, le constructeur automobile français a abandonné la calandre à lattes du modèle 96 et l’a remplacée par une calandre en maille noire. Les phares ont reçu un nouvel angle sur leur face supérieure et semblaient plus agressifs. Peugeot raccourcit la calandre souriante dans le tablier, la refaçonne, et ajoute une paire de feux antibrouillard : fini les visages souriants désormais pour la gamme 406. À l’arrière, le constructeur automobile n’a pas envisagé d’apporter de modifications.

À l’intérieur, il y avait plus de changements sur le tableau de bord. Le constructeur automobile a installé un nouveau tableau de bord avec des cadrans plus grands et des anneaux chromés autour d’eux. Sur la console centrale redessinée, il y avait de nouvelles commandes pour le système HVAC et un nouveau système audio également. À l’arrière, le 406 Station Wagon offrait suffisamment de place pour trois passagers et un grand coffre de 526 litres (18,6 pi3) avec tous les sièges en place et jusqu’à 1 741 litres (61,5 pi3) avec la banquette rabattue.

Le constructeur proposait un vaste choix de motorisations allant de 90 ch à 210 ch sous le capot. Comme nouveauté pour le modèle 1999, le constructeur automobile a présenté les nouveaux moteurs HDI de 2,0 litres disponibles avec respectivement 90, 110 et 136 ch.