En 2006, Renault a introduit un rafraîchissement de mi-vie pour toute la gamme Mégane, et il ne pouvait pas laisser de côté sa version la plus performante, la RS.
Alors que le reste de la gamme a reçu la suspension avant RS pour une meilleure maniabilité, la RS est restée la même. Ils n’avaient rien à améliorer, et il restait essentiellement le même véhicule qu’avant.

La RS arborant déjà des panneaux de carrosserie spécifiques, Renault a estimé qu’elle ne devait remplacer que des pièces spécifiques, communes au reste de la gamme Mégane. Ainsi, les rétroviseurs extérieurs étaient noirs au lieu de couleur carrosserie. À l’arrière, il y avait un nouvel ensemble de feux arrière, qui arboraient de plus grandes lentilles de feu de recul. De plus, à l’arrière, le pare-chocs a reçu un petit rafraîchissement pour sa calandre.

À l’intérieur, le constructeur a installé un intérieur entièrement en cuir avec des renforts latéraux de série, tandis qu’il proposait des sièges sport sur la liste des options. Son démarrage et son entrée sans clé étaient également une caractéristique standard. De l’usine, la voiture était équipée de pédales de sport en aluminium. À l’arrière, c’était la même banquette que dans n’importe quelle autre Mégane à cinq portes. Parallèlement au lifting, la Mégane reçoit un nouveau système d’infodivertissement.

Outre le moteur de 225 ch fourni depuis le modèle 2004, Renault Sport a introduit un moteur turbo-diesel de 2,0 litres à l’écoute, qui fournissait 175 ch. Ainsi, elle est entrée en compétition face à la Golf GTD, qui offrait des performances similaires.