En pleine crise financière mondiale, Skoda a dû rafraîchir la gamme Fabia et maintenir son moteur en marche alors que d’autres grandes marques s’effondraient.
Même si ce n’était pas le meilleur moment pour investir dans des mises à niveau, le constructeur tchèque a dû rafraîchir la gamme Fabia et la mettre aux normes d’émission Euro 5, qui devaient entrer en janvier 2009. La version break, nommée combi , offrait un juste équilibre entre la longueur de la voiture, l’espace du coffre et le prix global. C’était un choix judicieux pour les jeunes familles.

Le modèle rénové comportait de nouveaux phares avec un design en flèche. Pour les niveaux de finition supérieurs, ils comportaient des phares au xénon standard. Son nouveau design de calandre avec des lamelles verticales et une barre chromée sur le dessus arborait le badge vert Skoda. Skoda a installé des panneaux de custode arrière plus longs pour la version break que ceux de la berline et a monté un becquet de toit sur le dessus du hayon.

À l’intérieur, le constructeur automobile a modifié le design des cadrans avec un nouveau lettrage et la console centrale a été dotée d’un nouveau système audio. Comme la version non rénovée, la Fabia Combi comportait deux sièges à l’avant et une banquette rabattable à l’arrière. Les utilisateurs auraient pu augmenter la taille du coffre de 480 litres (16,9 pi3) à 1226 litres (43,3 pi3). C’était plus que ce que la plupart des voitures à hayon pouvaient offrir.

Skoda a changé les anciens moteurs de 1,4 et 1,6 litre sous le capot avec une nouvelle unité turbocompressée de 1,2 litre développée pour se conformer aux normes d’émission Euro 5. Skoda a également remplacé l’ancienne boîte de vitesses automatique à 6 rapports fournie par Aisin par une nouvelle boîte de vitesses automatique à 7 rapports (double embrayage) du groupe Volkswagen.