Le modèle 1999 de Skoda Fabia représente la première génération de la voiture qui était disponible dans plusieurs styles de carrosserie, y compris une berline 4 portes, surnommée Fabia Sedan, une berline 5 portes et un break 5 portes également appelé Fabia Combi.
La première génération a été officiellement dévoilée en septembre 1999 au salon de l’automobile de Francfort tandis que la production a démarré un mois plus tard. La Fabia était disponible dans plusieurs configurations de moteur, allant de 1,2 essence à 2,0 diesel, produisant entre 55 et 115 chevaux. Skoda Fabia avait plusieurs rivaux dans la petite classe, notamment Ford Fiesta, Fiat Punto, Citroën C3, Peugeot 206 et Renault Clio.