Face à une demande croissante de véhicules petits mais spacieux, Toyota a décidé de construire une fourgonnette basée sur sa célèbre Yaris.
En 1997, Toyota a présenté le concept-car Reference au salon de l’automobile de Tokyo, et seuls quelques-uns ont fait confiance au constructeur automobile pour le lancer en tant que modèle de série. Mais le concept est devenu réalité deux ans plus tard lorsque le constructeur automobile a introduit le Fun Cargo sur le marché japonais. Peu de temps après, Toyota a exporté la voiture vers d’autres marchés sous le nom de Yaris Verso. En 2003, Toyota a amélioré le véhicule et l’a rendu plus sûr et plus économe en carburant.

Pour la version rénovée, Toyota a amélioré le carénage avant de la Verso et installé des phares à lentilles transparentes. Le pare-chocs a subi une légère mise à jour et comprenait des écopes latérales simulant des prises d’air pour refroidir les freins et une large calandre dans le pare-chocs inférieur. De ses côtés, les concepteurs n’ont rien pu faire d’autre pour améliorer l’aspect haut et carré de la carrosserie, et malgré certaines rumeurs, ils n’ont pas non plus mis de portes coulissantes et ils ont conservé le hayon avec un système d’ouverture latérale.

À l’intérieur, il y a eu quelques modifications globales mineures, mais la voiture a finalement reçu un lecteur de CD au lieu de l’ancien lecteur de cassettes. Selon le niveau de finition, la Yaris Verso comportait des boutons sur le volant, ce qui était essentiellement la plus grande amélioration.

Sous le capot, Toyota a installé de nouveaux moteurs Euro 4 pour se conformer à la réglementation européenne. Ses moteurs variaient entre un turbodiesel de 75 ch et une unité VVTi de 1,5 litre animée qui fournissait 106 ch.