A geração de 1998 do Audi A6 recebeu seu primeiro – e único – facelift em 2001.
Além das linhas redesenhadas (incluindo faróis revisados, uma grade dianteira recém-desenvolvida e sistema de escape redesenhado), o novo A6 Avant foi equipado com uma inovadora transmissão multitronic continuamente variável (para modelos com tração dianteira) e opcional ‘quattro’ permanente. -Sistema de tração nas rodas para a maioria dos modelos. Alguns dos motores foram modificados e receberam potência extra, enquanto a unidade 1.8L foi substituída por um novo motor 2.0L de 130 HP. Foi descontinuado em 2004, com a introdução de um modelo A6 de nova geração.