Em 2016, a Audi apresentou uma atualização final para a primeira geração Q3 com alguns detalhes que diferenciaram o S-Line do resto do pacote.
O Q3 foi o crossover compacto que tentou facilitar a vida dentro e fora da cidade, sem medo de situações off-road leves ou quando a neve nas ruas era mais alta do que um par de sapatos de salto alto. Com sua última atualização, o S-Line tentou chamar mais atenção dos homens, já que a maioria dos clientes do terceiro trimestre eram mulheres.

Do lado de fora, o S-Line Q3 apresentava um novo front end. As entradas de ar externas eram mais extensas; a lâmina abaixo do canal central tinha acabamento na cor da carroceria e a grade Singleframe era cinza pedra. Suas entradas de ar externas foram divididas horizontalmente. A proteção da parte inferior da carroceria foi finalizada em tom de prata fosco no para-choque dianteiro e traseiro. Enquanto a maioria das versões S-Line de outros modelos da Audi apresentavam tampas de retrovisores prateadas, o Q3 manteve as versões na cor da carroceria, como o restante de sua linha.

Por dentro, a versão 2016 apresentava visual semelhante ao restante da turma, exceto pelo volante que foi aprimorado com o logotipo S-Line no raio inferior. Os designers instalaram algumas outras inserções de alumínio nas seções superiores das portas e no console central.

A Audi ofereceu o pacote S-Line para o Q3 em toda a gama de motores, exceto para o SQ3, que era um modelo S real, não apenas um pacote estético.