Uma versão mais poderosa do Audi A3 foi introduzida em 1999 sob a placa de identificação do Audi S3.
O S3 compartilhou sua plataforma com o TT, bem como com o VW Golf, Seat Leon e Skoda Octavia.

O modelo com facelift ganhou vida em 2001 e apresentou atualizações de design exterior, bem como desempenho aprimorado.

Esteticamente, as mudanças mais importantes foram os novos indicadores de direção que agora estavam integrados nos faróis, asas dianteiras revisadas e conjuntos de luzes traseiras. No interior, o acabamento interno foi ligeiramente atualizado com um relógio digital e diferentes pacotes de áudio.

O motor turbo a gasolina de 1,8 litros foi atualizado com uma tecnologia de comando de válvulas variável, o novo S3 agora beneficia de um impulso de 15 cv.

Os recursos padrão disponíveis com o S3 incluíam faróis de xenônio HID, lavador de faróis, faróis de neblina, rodas de liga leve de 17 polegadas, bancos de couro Recaro, controle climático, controle eletrônico de tração e um programa eletrônico de estabilidade.

As opções independentes incluíam um sistema de áudio premium Bose, um carregador de CD de 6 discos montado no porta-malas, pintura metálica, ligas maiores de 18 polegadas, teto solar de vidro, assistente de estacionamento, bancos dianteiros aquecidos, controle de cruzeiro e combinações de couro parcial de estofamento do assento.

Embora comercializado como “Quattro”, o S3 foi realmente equipado com um sistema Haldex que foi projetado para ajustar a tração dependendo do nível de aderência.

O Audi S3 não estava disponível para compra no mercado norte-americano.