Em 2006, a Audi apresentou a segunda geração da versão S3.
Estava disponível como uma versão de 3 e 5 portas. Era o hot-hatch mais potente do mercado.

A Audi iniciou a revolução da tração permanente nas quatro rodas nos anos 80, quando o primeiro Audi S1 Quattro foi apresentado à etapa de rali e conquistou vitória após vitória de seus oponentes. Desde então, todos os modelos Audi S estavam com tração nas quatro rodas e o S3 não foi exceção.

Do lado de fora, parecia quase um Audi A3 comum, mas poucas pistas podiam dizer a diferença. A grade dianteira de quadro único foi cercada por uma borda prateada. O pacote aerodinâmico era diferente e os retrovisores também eram prateados. Na parte de trás, um spoiler de teto aumentou o fluxo aerodinâmico para a parte de trás. Sob o para-choque, duas ponteiras de escapamento mostravam discretamente sua presença.

No interior, o S3 foi equipado com bancos esportivos na frente. Os pedais, alavanca de câmbio e saídas de ar eram feitos de alumínio. O emblema S3 vermelho e prata foi encontrado nos bancos de couro e no volante também.

O motor era um motor a gasolina de 2,0 litros com injeção direta de combustível e um turbocompressor. Poderia aumentar até 1,2 bar de pressão (17,4 psi), o que era incomum para um veículo de produção. A potência foi para as quatro rodas através de um manual de 6 velocidades instalado como padrão e um diferencial central Haldex.