A terceira geração do modelo Audi S4 estreou em meados de 2003 e estava disponível para o grande público em três estilos de carroceria - sedan/saloon, station/wagon e cabriolet.
Baseado na nova plataforma Volkswagen Group B6 do A4, o S4 Avant se beneficiou do mesmo comprimento de distância entre eixos do sedã S4 e apresentou as mesmas mudanças em termos de design exterior: grade mais larga, frisos das portas mais baixos e retrovisores revisados. Esta geração S4 Avant foi equipada com um novo motor V8 de 4,2 L de 344 cv (substituindo a unidade de 2,7 L do S4 de 1997) e veio com uma escolha de duas transmissões: manual de 6 velocidades padrão e tiptronic de 5 velocidades. Este modelo foi substituído por um Audi S4 baseado na plataforma B7 em 2005.