A segunda geração do grande SUV Honda Pilot foi lançada em 2009.
Foi um grande avanço no design quando comparado à geração anterior, que mais parecia um CR-V expandido.

O estilo foi importante para o Piloto de 2009. A face angulada do modelo 2002-2008 foi descartada e uma frente plana, quase vertical, que parecia mais com um design Honda Element. O design de superfície plana foi aplicado nas laterais e na porta traseira.

Para o interior, as diferenças dependiam do nível de acabamento. Na versão superior, o sistema de navegação, tela LCD de infoentretenimento de 8” e controles climáticos duplos foram instalados. Um grande teto panorâmico de vidro também estava disponível. Uma câmera de visão traseira era padrão nos modelos Pilot EX-L e Pilot Touring. No interior, havia espaço para até oito passageiros, dependendo da configuração do assento.

Foi feito para enfrentar pistas off-road médias com a confiança de uma distância ao solo de 8” (205 mm) e puxar até 4500 lbs (2040 kg) na versão AWD. Para o trem de força, a Honda insistiu em oferecer apenas um motor e uma caixa de câmbio. A única opção era tração nas duas ou nas quatro rodas. A transmissão automática de 5 velocidades era padrão e nenhuma opção manual estava disponível. Para melhorar a eficiência de combustível, a tecnologia inteligente de comando eletrônico de válvulas e controle eletrônico de elevação (i-VTEC®) com gerenciamento de cilindro variável (VCM) permitiu que o motor V-6 operasse no modo de seis cilindros para potência e quatro e quatro modos de três cilindros.