Com base na série W203 Classe C, a segunda geração do elegante cupê CLK da Mercedes-Benz foi lançada em março de 2002 no Salão Automóvel de Genebra, com a produção e as vendas começando em junho do mesmo ano.
O cupê veio com muitos recursos padrão, tanto para conforto quanto para segurança. Outra melhoria em relação à geração anterior, o C208, foi a remoção do pilar B, dando ao carro um visual mais conversível.

Comparado ao seu antecessor, o C209 CLK é 71 mm mais longo, atingindo um comprimento de 4.652 mm (183,1 pol.), 18 mm mais largo para uma largura de 1.740 mm (68,5 pol.) e 42 mm mais alto até 1.413 mm (55,6 pol.) para fornecer mais espaço interior.

Sob o capô, no lançamento, havia sete motores disponíveis com potências que variavam de 163 cv a 367 cv. Novos chassis e tecnologia de ponta da Mercedes-Benz foram adicionados para oferecer uma experiência de condução única em sua classe. Seis dos motores são novos desenvolvimentos ou melhorias, fornecendo mais potência e torque do que seus antecessores.

Uma nova geração de motores de quatro cilindros comemorou a estreia no modelo: os motores CGI, com injeção direta de gasolina. O sistema TWINPULSE combina inúmeras tecnologias para garantir o baixo consumo de combustível e o refinamento de uma unidade de seis cilindros em quatro cubas. O CLK 200 CGI tinha 170 cv. Foram oferecidos três motores diesel com cilindrada entre 2,1 e 3,0 litros e potências entre 150 e 224 cv.