A Nissan atualizou a segunda geração do Primera em 1999, e a montadora afirmou que trocou mais de 600 peças nele, elevando-o a um nível muito superior ao de seus principais concorrentes.
As mudanças afetaram todas as versões da carroceria, incluindo a perua. A Nissan Europa concentrou-se no carro, reformulou-o e adicionou alguns ajustes de engenharia na Alemanha e no Reino Unido para tornar o veículo adequado para as ruas estreitas e estradas do velho continente.

Do lado de fora, a montadora introduziu uma nova grade, ostentando asas remodeladas como uma grade. Seus faróis eram novos, seguindo a tendência do biodesign, que estava quase acabando. Ele também oferecia uma opção para faróis de xenônio, e que vinha com uma arruela padrão no para-choque. Na parte inferior do para-choque, a montadora incluiu uma ampla grade ladeada por dois faróis de neblina. Na parte de trás, a principal mudança para a perua estava nas lanternas traseiras. Eles foram aprimorados e também receberam um novo vidro de proteção.

No interior, a montadora continuou suas mudanças. A pilha central apresentava um sistema de áudio dedicado, exclusivo para cada veículo. Assim, era inútil roubá-los. Como opção, foi adicionado um trocador de 10 CDs no porta-malas e controlado pelo painel do sistema de som. A Nissan mudou os bancos dianteiros e os remodelou com costas esculpidas. Assim, permitiu que a montadora aumentasse o espaço para os joelhos dos ocupantes do banco traseiro em 5 cm (2”). Mas o espaço do porta-malas permaneceu o mesmo com 430 litros (15,2 pés cúbicos) de espaço com o banco traseiro levantado e até 1.650 litros (58,3 pés cúbicos) com o encosto do banco traseiro rebatido.

Sob o capô, havia duas novidades essenciais: um motor de 1,8 litros e uma caixa de câmbio CVT para o motor de 2,0 litros.