Em 1999, a Peugeot introduziu uma atualização de ciclo de meia-vida para a linha 406 e, juntamente com o sedã e o cupê, a versão station-wagon também foi atualizada.
A Peugeot obteve grande sucesso com a linha 406 e, graças à sua vasta experiência com as station wagons, introduziu essa carroceria também para seu concorrente do segmento de médio porte. Mas depois de alguns anos no mercado, o carro já parecia velho, e a Peugeot teve que enfrentar a nova onda de tendência de biodesign que levou o Mondeo à frente nas paradas de vendas.

Na frente, a montadora francesa abandonou a grade de ripas do modelo de 96 e a substituiu por uma grade de malha preta. Os faróis receberam um novo ângulo na parte superior e ficaram mais agressivos. A Peugeot encurtou a grade sorridente no avental, reformulou-a e acrescentou um par de faróis de neblina: não há mais rostos sorridentes a partir de agora para a linha 406. Na traseira, a montadora não considerou fazer nenhuma alteração.

Por dentro, houve mais mudanças no painel. A montadora instalou um novo painel de instrumentos com mostradores maiores e anéis cromados ao redor deles. Na pilha central redesenhada, havia novos controles para o sistema HVAC e um novo sistema de som também. Na parte de trás, o 406 Station Wagon oferecia espaço suficiente para três passageiros e um grande porta-malas de 526 litros (18,6 pés cúbicos) com todos os assentos no lugar e até 1.741 litros (61,5 pés cúbicos) com o banco rebatido.

A montadora ofereceu uma ampla escolha de motores que variam entre 90 cv e 210 cv sob o capô. Como novidade para o modelo de 1999, a montadora apresentou os novos motores 2.0 HDI disponíveis com 90, 110 e 136 cv, respectivamente.