A Skoda apresentou o Fabia em 1999 no Salão Automóvel de Frankfurt.
Partilhava a sua plataforma com o Seat Ibiza e o Volkswagen Polo Mk IV. No ano seguinte, a montadora checa apresentou a versão station-wagon.

O Skoda Fabia Combi era o pequeno carro com uma atitude de segmento compacto. Combi era o nome usado pela maioria dos países do Leste Europeu para as formas da carroceria da station wagon, e a marca tcheca o usava na linha Feliceia, antes que o Grupo Volkswagen a comprasse.

O design de Fabia era no estilo tcheco-cubismo, com formas angulares, incluindo os faróis e a grade. Com sua linha de teto arqueada, o restante do carro era moderno e ditado pelas novas tendências de design da indústria automotiva. Ao contrário do Seat Ibiza Vario (perua), o Fabia Combi apresentava uma porta traseira em arco.

Por dentro, o carro apresentava o mesmo painel curvo do hatchback Fabia. Os únicos elementos retangulares a bordo eram as saídas de ar. Um painel de instrumentos simples de ler e entender apresentava mostradores distintos para o velocímetro e tacômetro e medidores montados na parte superior para o nível de combustível e a temperatura do líquido de arrefecimento. Na frente, os bancos eram simples, com alguns ajustes. A montadora instalou um banco dobrável na parte de trás, que poderia expandir o porta-malas de seus 530 litros padrão (18,7 pés cúbicos) para 1395 litros (49,2 pés cúbicos).

Sob o capô, a Skoda instalou quatro motores a gasolina e cinco a diesel. Todos eles foram acoplados a uma caixa de 5 velocidades.