No meio da crise financeira mundial, a Skoda teve que atualizar a linha Fabia e manter seu motor funcionando enquanto outras grandes marcas entravam em colapso.
Mesmo não sendo o melhor momento para investir em upgrades, a montadora tcheca teve que atualizar a linha Fabia e trazê-la para os padrões de emissão Euro 5, que deveriam entrar em janeiro de 2009. A versão station-wagon, batizada de combi , oferecia um equilíbrio certo entre o comprimento do carro, o espaço do porta-malas e o preço geral. Foi uma escolha inteligente para famílias jovens.

O modelo reestilizado apresentava novos faróis com design recuado. Para os níveis de acabamento superiores, eles apresentavam faróis de xenônio padrão. Seu novo design de grade com lâminas verticais e uma barra cromada na parte superior ostentava o emblema verde da Skoda. A Skoda instalou painéis laterais traseiros estendidos para a versão station wagon do que os do hatchback e montou um spoiler de teto no topo da porta do porta-malas.

No interior, a montadora mudou o design dos mostradores com novas letras, e o console central apresentava um novo sistema de som. Assim como a versão sem facelift, o Fabia Combi apresentava dois assentos na frente e um banco rebatível na parte de trás. Os usuários poderiam ter expandido o tamanho do porta-malas de 480 litros decentes (16,9 pés cúbicos) para 1.226 litros (43,3 pés cúbicos). Isso era mais do que a maioria dos hatchbacks poderia oferecer.

A Skoda mudou os antigos motores de 1,4 e 1,6 litros sob o capô com uma nova unidade turbo de 1,2 litros desenvolvida para cumprir os padrões de emissão Euro 5. A Skoda também substituiu a antiga caixa automática de 6 velocidades fornecida pela Aisin por uma nova caixa automática de 7 velocidades (dupla embreagem) do Grupo Volkswagen.