O modelo de 1999 do Skoda Fabia representa a primeira geração do carro que estava disponível em vários estilos de carroceria, incluindo um sedã de 4 portas, apelidado de Fabia Sedan, um hatchback de 5 portas e uma carrinha de 5 portas também chamada Fabia Combi.
A primeira geração foi apresentada oficialmente em setembro de 1999 no Salão Automóvel de Frankfurt, enquanto a produção foi iniciada um mês depois. Fabia veio em várias configurações de motor, variando entre 1,2 gasolina e 2,0 diesel, produzindo entre 55 e 115 cavalos de potência. O Skoda Fabia teve vários rivais na classe pequena, incluindo Ford Fiesta, Fiat Punto, Citroen C3, Peugeot 206 e Renault Clio.