A montadora checa Skoda atualizou a linha Superb em 2006, adicionando algumas pequenas mudanças no exterior e melhorou sua linha de motores.
Como já estava sob a propriedade da Volkswagen, a Skoda recebeu acesso a novas tecnologias e plataformas, e o Superb recebeu uma versão de distância entre eixos 10 cm (3,9”) maior da base do Passat.

O exterior do carro era muito parecido com o do Passat alemão, e a montadora tentou adicionar algumas mudanças sutis para que os dois irmãos não ficassem iguais, pelo menos no retrovisor. Assim, a frente foi alterada, e o Superb recebeu novos faróis e uma nova grade com lâminas verticais pretas. Era a nova grade corporativa que já estava instalada em seus irmãos menores, o Fabia e o Roomster. Na parte de trás, o Superb apresentava novas lanternas traseiras com uma área quadrada clara em torno de uma parte vermelha para as luzes de ré e piscas.

No interior da cabina, as principais diferenças centraram-se no posto de condução. Dentro do painel de instrumentos, os designers instalaram novas letras para os mostradores. Entre eles, a montadora manteve o LCD para o computador de bordo. A Skoda instalou um novo painel de plástico para a pilha central, que parecia tão bom quanto um instalado em um Audi A6. Foi um grande passo em frente para o visual do carro. Graças à distância entre eixos estendida, havia tanto espaço quanto um Audi A8 nos bancos traseiros.

A Skoda deixou cair o turbodiesel de 1,9 litro sob o capô e o substituiu por uma unidade de 2,0 litros que desenvolvia mais potência e funcionava mais limpa. Além disso, um turbo-diesel de 2,5 litros fez sua aparição.