A Skoda atualizou a linha Yeti em 2013, melhorando drasticamente sua aparência e atualizando seus motores para os novos padrões europeus de poluição.
A introdução dos padrões europeus de poluição Euro 5b em janeiro de 2013 forçou mais montadoras a melhorar seus veículos. Não era mais apenas sobre as emissões do motor. Foi também sobre sistemas de segurança e fator de reciclagem de automóveis. A Skoda teve que melhorar o Yeti de qualquer maneira depois de quatro anos no mercado, e foi mais uma reforma do que apenas uma maquiagem.

Enquanto seu antecessor apresentava faróis de neblina distintos circundados em um conjunto separado ao lado dos faróis, o Yeti 2013 apareceu com um painel frontal completamente novo. Seu tema de design de estilo cubista com faróis retangulares e um visual pronunciado para o escudo da parte inferior da carroceria ofereciam ao crossover uma postura mais ousada. O pilar C e a moldura da porta escurecidos faziam o carro parecer uma picape com um painel de janela mais longo. Na traseira, a montadora checa redesenhou as lanternas traseiras com linhas claras que formavam uma letra C, de “Clever”.

No interior, o Yeti apresentava pequenas atualizações no painel e um novo volante com mais botões e um raio inferior oco (dependendo do nível de acabamento). Devido ao novo sistema de infoentretenimento, o carro poderia ter sido equipado com uma câmera de ré.

Quatro motores a diesel e três a gasolina foram escolhidos para o Skoda Yeti 2013 - todos turboalimentados e com injeção direta. O espectro de desempenho variou de um 1.2 TSI com 105 cv a um 2.0 TDI com 170 cv. A tração dianteira ou integral de quinta geração com acoplamento Haldex foi instalada dependendo das especificações do motor.