Com o grande sucesso dos modelos de 1999, a Toyota decidiu que era hora de um redesenho do Yaris.
A versão atualizada foi lançada em 2003.

O novo design foi concebido para criar um carro mais bonito, mantendo alguns dos Yaris originais.

O para-choque dianteiro, a grade do radiador e os faróis foram atualizados para dar um visual mais esportivo. Na traseira, o para-choque foi redesenhado.

Uma nova coleção de cores estava disponível para o facelift Yari, e se destacou com o acabamento em pintura metalizada e outros recursos como faróis de neblina dianteiros, tubo de escape cromado, rodas de liga leve e retrovisores e para-choques de cores correspondentes.

Os usuários podiam escolher entre Twilight Blue, Carlo Blue, Thunder Grey, Eclipse Black e Crystal Silver apenas para os motores a gasolina 1.0 e 1.3 VVT-i.

Os motores mencionados acima foram acoplados a uma transmissão manual de 5 velocidades.

A estrutura da carroceria foi revisada para melhorar a segurança, juntamente com a qualidade de condução e a dinâmica do carro. O nível de NVH (ruído, vibração, aspereza) foi reduzido e o Yaris parecia mais um carro maior.

O interior do Yaris era espaçoso para um carro tão pequeno, com os passageiros dianteiros e traseiros beneficiando de grande conforto.

Com um tamanho de porta-malas decente para um carro de sua classe, o Yaris também tinha bancos traseiros dobráveis (com uma configuração 60:40) para estender a área de carga, se necessário.