Enfrentando uma demanda crescente por veículos pequenos e espaçosos, a Toyota decidiu construir uma minivan baseada em seu conhecido Yaris.
Em 1997, a Toyota apresentou o carro-conceito Reference no Tokyo Motor Show, e havia apenas alguns que confiavam na montadora para lançá-lo como um modelo de série. Mas o conceito tornou-se realidade dois anos depois, quando a montadora introduziu o Fun Cargo no mercado japonês. Logo depois, a Toyota exportou o carro para outros mercados com o nome Yaris Verso. Em 2003, a Toyota melhorou o veículo e o tornou mais seguro e com grande eficiência de combustível.

Para a versão reestilizada, a Toyota melhorou a frente do Verso e instalou faróis com lentes transparentes. O para-choque passou por uma leve atualização e incluiu conchas laterais fingindo entradas de ar para resfriar os freios e uma ampla grade no para-choque inferior. De seus lados, os designers não puderam fazer mais nada para melhorar a aparência alta e quadrada da carroceria e, apesar de alguns rumores, também não colocaram portas de correr e mantiveram a porta traseira com um sistema de abertura lateral.

No interior, houve algumas pequenas mudanças gerais, mas o carro finalmente recebeu um CD player em vez do antigo toca-fitas. Dependendo do nível de acabamento, o Yaris Verso apresentava botões no volante, que era basicamente a maior melhoria.

Sob o capô, a Toyota instalou novos motores Euro 4 para cumprir os regulamentos europeus. Seus motores variavam entre um turbodiesel de 75 cv e uma unidade VVTi de 1,5 litro animada que fornecia 106 cv.