Lexus раскачал троны BMW 3 Series и Mercedes-Benz C-Class, когда представил серию IS в 1998 году, а затем, в 2000 году, попытался сделать то же самое со своими собратьями-универсалами.
В отличие от своих основных соперников, Lexus назвал пятидверную версию «Sport Cross», поскольку она была чем-то средним между хэтчбеком и универсалом. Тем не менее, у него было больше багажника, чем у его версии седана с тремя коробками, но он уступил место общему виду.

Снаружи IS Sport Cross имел ту же переднюю панель, что и четырехдверная версия. Большая разница была по бокам и сзади, где автопроизводитель удлинил крышу за С-образными стойками и разместил дополнительное боковое окно. Сзади у IS 200 Sport Cross была задняя дверь, усиленная спойлером на крыше, установленным на верхней стороне ветрового стекла.

Внутри Sport Cross имел ту же приборную панель в стиле хронографа, что и его четырехдверный брат. Спидометр в середине имел тот же циферблат, что и датчики амперметра, температуры охлаждающей жидкости и индикатора топливной экономичности. Сзади автопроизводитель установил складывающуюся в пропорции 60/40 заднюю скамью. Багажник обеспечивал 340 литров (12 кубических футов) места со всеми сиденьями на месте и до 620 литров (21,9 кубических футов) со сложенной спинкой сиденья. Чтобы перевозить более длинные предметы, такие как лыжи или сноуборды, автопроизводитель установил складывающееся переднее пассажирское сиденье, увеличив погрузочную длину.

Под капотом Lexus предусмотрел для Sport Cross исключительно 3,0-литровый двигатель. Lexus предлагал автомобиль с задним или полным приводом. Первая версия была доступна с пятиступенчатым «автоматом», а вторая — с четырехступенчатой.