A Lexus balançou os tronos da BMW 3 Series e da Mercedes-Benz C-Class quando introduziu a IS Series em 1998 e, em 2000, tentou fazer o mesmo com seus irmãos station wagon.
Ao contrário de seus principais rivais, a Lexus nomeou a versão de cinco portas “Sport Cross”, já que estava a meio caminho entre um hatchback e uma perua. Ainda assim, ele forneceu mais porta-malas do que sua versão sedã de três caixas, mas trocou algum espaço pela aparência geral.

Do lado de fora, o IS Sport Cross apresentava o mesmo painel frontal da versão de quatro portas. A grande diferença estava nas laterais e na traseira, onde a montadora estendeu o teto atrás dos pilares C e colocou uma janela lateral adicional. Na traseira, o IS 200 Sport Cross apresentava uma porta traseira reforçada por um spoiler de teto montado na parte superior do pára-brisas.

No interior, o Sport Cross apresentava o mesmo painel de instrumentos em estilo cronógrafo que seu irmão de quatro portas. O velocímetro no meio compartilhava o mesmo mostrador com os medidores do amperímetro, temperatura do líquido de arrefecimento e um indicador de eficiência de combustível. Na traseira, a montadora instalou um banco traseiro dobrável 60/40. O porta-malas oferecia 340 litros (12 pés cúbicos) de espaço com todos os bancos no lugar e até 620 litros (21,9 pés cúbicos) com o encosto do banco rebatido. Para permitir itens mais longos, como esquis ou pranchas de snowboard, a montadora instalou um banco do passageiro dianteiro rebatível, estendendo o comprimento de carga.

Sob o capô, a Lexus forneceu ao Sport Cross exclusivamente um motor de 3,0 litros. A Lexus ofereceu ao veículo um sistema de tração traseira ou tração nas quatro rodas. A primeira versão estava disponível com uma transmissão automática de cinco velocidades, enquanto a última veio equipada com uma de quatro velocidades.