1999 yılına gelindiğinde, Alman üretici son derece başarılı E-Klasse’lerini daha da geliştirmek için tüm adımları atmıştı.
Araç, süspansiyon alçaltılmışken yeni ön ve arka tamponlar elde edilerek hafifçe yeniden tasarlandı. Yeni fiber optik navigasyon sistemi ve manuel modlu yeni 5 vitesli otomatik şanzıman gibi yeni cihazlar kabine girerken iç özellikler geliştirildi. Aynı yıl Mercedes, Kuzey Amerika topraklarındaki E-Klass’ta dizel motorların kullanımını durdururken, Avrupa versiyonlarının yerini daha yeni CDI (Common Rail) tesisleri aldı.