En 1999, le constructeur allemand avait franchi toutes les étapes pour améliorer encore sa très réussie E-Klasse.
Le véhicule a été légèrement repensé, ayant gagné de nouveaux pare-chocs avant et arrière tandis que la suspension a été abaissée. Les caractéristiques intérieures ont été améliorées tandis que de nouveaux dispositifs ont trouvé leur place dans la cabine, comme un nouveau système de navigation à fibre optique et une nouvelle transmission automatique à 5 vitesses avec mode manuel. C’est la même année que Mercedes a cessé d’utiliser des moteurs diesel dans la classe E sur le territoire nord-américain, tandis que les versions européennes ont été remplacées par de nouvelles usines CDI (Common Rail).