Piyasada geçen dört yılın ardından, E-Serisi’nin üçüncü nesli, hak ettiği bir makyajla yenilendi ve otomobilde yaklaşık 2000 parça değiştirildi.
Güncellenen E-Serisi Estate (Station-wagon), 2006 New York Uluslararası Otomobil Fuarı’nda piyasaya sürüldü. Müşteriler için ilk büyük sürprizlerden biri, temel dizel versiyonu 20 beygir güç kazanmasına rağmen, dört ve altı silindirli ünitelerin taban fiyatlarının eskisi gibi kalmasıydı.

E-Serisi dışarıdan, belirgin bir geri tepme özelliğine sahip yeni bir tampon ve ızgara aldı. Mercedes-Benz, daha iyi bir şimşek deseni için şeffaf bir üst taraf ile çift far fasyasının ayrıntılarını geliştirdi. Arkada, S211 E-Serisi istasyon vagonu alıcısı, borda lambaları için LED’ler. Avantgarde donanım seviyesi için yeni bir yan eşik seti ve arka tampon takıldı.

İçeride yeni bir direksiyon simidi vardı ve klima kontrol sistemi Thermatic tüm serilerde standart olarak bulunuyordu. Seçenekler listesine yeni malzemeler ve renkler eklendi.

En önemli modifikasyonlar deri altında yapıldı. Frenler için, yüz germe, Sensotronic Fren Kontrolü yerine Adaptif fren sistemini tanıttı. Motorlar için müşterilerin on üç versiyonu vardı. Bunlardan altısı yeni veya daha gelişmişti. Yeni birinci sınıf motor, E 500’deki 5.5 litrelik V8 idi.