Lexus ocupó los tronos de BMW Serie 3 y Mercedes-Benz Clase C cuando presentó la Serie IS en 1998, y luego, en 2000, intentó hacer lo mismo con sus hermanos familiares.
A diferencia de sus principales rivales, Lexus nombró a la versión de cinco puertas “Sport Cross” ya que estaba a medio camino entre un hatchback y una camioneta. Aún así, proporcionó más maletero que su versión sedán de tres cajas, pero cambió algo de espacio por el aspecto general.

Desde el exterior, el IS Sport Cross presentaba la misma fascia delantera que la versión de cuatro puertas. La gran diferencia estaba en los lados y la parte trasera, donde el fabricante de automóviles extendió el techo detrás de los pilares C y colocó una ventana lateral adicional. En la parte trasera, el IS 200 Sport Cross presentaba un portón trasero realzado por un spoiler de techo montado en la parte superior del parabrisas.

En el interior, el Sport Cross presentaba el mismo panel de instrumentos estilo cronógrafo que su hermano de cuatro puertas. El velocímetro en el medio compartía el mismo dial con los indicadores del amperímetro, la temperatura del refrigerante y un indicador de eficiencia de combustible. En la parte trasera, el fabricante de automóviles instaló un banco trasero plegable dividido 60/40. La cajuela proporcionó 340 litros (12 pies cúbicos) de espacio con todos los asientos en su lugar y hasta 620 litros (21,9 pies cúbicos) con el respaldo del banco plegado. Para permitir artículos más largos, como esquís o tablas de snowboard, el fabricante de automóviles instaló un asiento del pasajero delantero plegable en plano, extendiendo la longitud de carga.

Debajo del capó, Lexus proporcionó al Sport Cross exclusivamente un motor de 3.0 litros. Lexus ofreció al vehículo un sistema de tracción trasera o de tracción total. La primera versión estaba disponible con una transmisión automática de cinco velocidades, mientras que la última venía equipada con una de cuatro velocidades.