En 1999, el fabricante alemán había dado un paso más para mejorar aún más su exitoso E-Klasse.
El vehículo fue ligeramente rediseñado, habiendo ganado nuevos parachoques delantero y trasero mientras se bajaba la suspensión. Las características interiores se mejoraron mientras nuevos dispositivos se abrían paso en la cabina, como un nuevo sistema de navegación de fibra óptica y una nueva transmisión automática de 5 velocidades con modo manual. Fue el mismo año que Mercedes descontinuó el uso de motores diesel en el E-Klass en territorio norteamericano mientras que las versiones europeas fueron reemplazadas por nuevas plantas CDI (Common Rail).