Después de cuatro años en el mercado, la tercera generación de la Clase E se actualizó con un lavado de cara bien merecido y alrededor de 2000 componentes se cambiaron al automóvil.
El renovado Clase E Estate (camioneta) se lanzó en el Salón Internacional del Automóvil de Nueva York de 2006 . Una de las primeras grandes sorpresas para los clientes fue que los precios base de las unidades de cuatro y seis cilindros se mantuvieron igual que antes, a pesar de que la versión base diesel ganó 20 caballos de fuerza más.

En el exterior, la Clase E recibió un parachoques y una parrilla nuevos que presentaban un distintivo barrido hacia atrás. Mercedes-Benz mejoró los detalles de la fascia de los faros dobles, con un lado superior transparente para un mejor patrón de iluminación. En la parte trasera, los LED del receptor de la camioneta S211 E-Class para luces de posición. Se instaló un nuevo juego de umbrales laterales y parachoques trasero para el nivel de equipamiento Avantgarde.

En el interior, había un nuevo volante y el sistema de climatización Thermatic se instaló de serie en toda la gama. Se agregaron nuevos materiales y colores a la lista de opciones.

Las modificaciones más importantes se realizaron debajo de la piel. Para los frenos, el lavado de cara introdujo el sistema de freno adaptativo en lugar del Sensotronic Brake Control. Para los motores, los clientes podían elegir entre trece versiones. Seis de ellos eran nuevos o más desarrollados. El nuevo motor de primera línea fue el V8 de 5.5 litros en el E 500.