Em 1999, o fabricante alemão deu todos os passos para aprimorar ainda mais sua E-Klasse de grande sucesso.
O veículo foi levemente redesenhado, ganhando novos para-choques dianteiro e traseiro enquanto a suspensão era rebaixada. Os recursos internos foram aprimorados enquanto novos dispositivos chegaram à cabine, como um novo sistema de navegação por fibra ótica e uma nova transmissão automática de 5 velocidades com modo manual. Foi no mesmo ano que a Mercedes descontinuou o uso de motores diesel no E-Klass em território norte-americano, enquanto as versões européias foram substituídas por plantas CDI (Common Rail) mais recentes.