Hyundai обновил второе поколение Atos в 2003 году, спустя четыре года после появления модели.
В то время как первое поколение и версия второго поколения без фейслифтинга демонстрировали стиль дизайна MPV, автопроизводитель решил сделать автомобиль больше похожим на высокий хэтчбек, чем на минивэн небольшого сегмента.

Модель 2003 года поставлялась с более широкими прямоугольными фарами и угловыми указателями поворота. Таким образом, он избавился от странных фар модели 1999 года и представил обновленную решетку радиатора, которая имела перевернутую трапециевидную форму, пересекаемую тремя хромированными планками. Но корейский автопроизводитель не смог избавиться от высокой теплицы, поэтому она осталась прежней. Задняя часть демонстрировала другой дизайн задних фонарей с прозрачными линзами в виде бабочки над зоной фонарей заднего хода.

Внутри на приборной панели было открытое место для хранения вещей перед пассажирской стороной. В то же время водитель получил приборную панель с тремя циферблатами со спидометром, по бокам которого расположены необычно большие указатели температуры охлаждающей жидкости и уровня топлива. В зависимости от уровня отделки салона Atos предлагал аудиосистему на центральной консоли и кондиционер. Hyundai установила элементы управления HVAC под стереосистемой. Сзади Hyundai сохранил складывающуюся и раскладывающуюся скамью 50/50.

Поскольку он был разработан как пригородный автомобиль, Hyundai установил новый 1,1-литровый бензиновый двигатель в стандартной комплектации с пятиступенчатой механической коробкой передач, а в качестве опции был доступен четырехступенчатый автомат.