Hyundai a rafraîchi la deuxième génération d’Atos en 2003, quatre ans après l’introduction du modèle.
Alors que la première génération et la version non rénovée de la deuxième génération affichaient un style de conception de monospace, le constructeur automobile a décidé de faire en sorte que la voiture ressemble davantage à une grande berline qu’à une fourgonnette de petit segment.

Le modèle 2003 était équipé de phares rectangulaires plus larges et de clignotants montés dans les coins. Ainsi, il se débarrasse des phares bizarres du modèle 1999 et introduit une calandre redessinée qui arbore une forme trapézoïdale inversée traversée par trois lamelles chromées. Mais le constructeur automobile coréen n’a pas pu se débarrasser de la grande serre, elle est donc restée la même. L’arrière a montré une conception différente pour les feux arrière, avec une lentille transparente en forme de papillon sur la zone du feu de recul.

À l’intérieur, le tableau de bord comportait un espace de rangement ouvert devant le côté passager. Dans le même temps, le conducteur a reçu un tableau de bord à trois cadrans avec le compteur de vitesse flanqué sur les côtés par des jauges inhabituellement grandes pour la température du liquide de refroidissement et le niveau de carburant. Selon le niveau de finition, l’Atos proposait un système audio sur la console centrale et une unité de climatisation. Hyundai a installé les commandes HVAC sous la chaîne stéréo. À l’arrière, Hyundai a conservé la banquette 50/50 rabattable et rabattable.

Depuis qu’il a été conçu comme un véhicule de banlieue, Hyundai a installé un nouveau moteur à essence de 1,1 litre couplé de série à une boîte de vitesses manuelle à cinq rapports, tandis qu’une boîte automatique à quatre rapports était disponible en option.