Hyundai actualizó la segunda generación del Atos en 2003, después de cuatro años desde la presentación del modelo.
Si bien la primera generación y la versión sin remodelación de la segunda generación mostraron un estilo de diseño MPV, el fabricante de automóviles decidió hacer que el automóvil se pareciera más a un hatchback alto que a una minivan de segmento pequeño.

El modelo 2003 venía con faros rectangulares más anchos y señales de giro montadas en las esquinas. Así, se deshizo de los extraños faros del modelo de 1999 e introdujo una parrilla rediseñada que lucía una forma trapezoidal invertida atravesada por tres lamas cromadas. Pero el fabricante de automóviles coreano no pudo deshacerse del alto invernadero, por lo que permaneció igual. La parte trasera mostró un diseño diferente para las luces traseras, con una lente transparente en forma de mariposa sobre el área de la luz de marcha atrás.

En el interior, el tablero presentaba un área de almacenamiento abierta frente al lado del pasajero. Al mismo tiempo, el conductor recibió un grupo de instrumentos de tres diales con el velocímetro flanqueado a los lados por indicadores inusualmente grandes para la temperatura del refrigerante y el nivel de combustible. Dependiendo del nivel de equipamiento, el Atos ofrecía un sistema de audio en la consola central y una unidad de aire acondicionado. Hyundai instaló los controles HVAC debajo del estéreo. En la parte trasera, Hyundai mantuvo el banco abatible y plegable dividido 50/50.

Dado que fue diseñado como un vehículo de cercanías, Hyundai instaló un nuevo motor de gasolina de 1.1 litros acoplado de serie a una caja de cambios manual de cinco velocidades, mientras que una automática de cuatro velocidades estaba disponible como opción.