Hyundai, modelin piyasaya sürülmesinden bu yana dört yıl sonra, 2003 yılında Atos’un ikinci neslini yeniledi.
Birinci nesil ve ikinci neslin makyajsız versiyonu bir MPV tasarım stili sergilerken, otomobil üreticisi otomobili küçük segment bir minivandan çok uzun bir hatchback gibi göstermeye karar verdi.

2003 modeli daha geniş, dikdörtgen farlar ve köşeye monte dönüş sinyalleri ile geldi. Böylece, 1999 modelindeki tuhaf farlardan kurtuldu ve üç krom çıtayla çaprazlanmış ters yamuk şeklinde spor yapan yeniden tasarlanmış bir ızgara tanıttı. Ancak Koreli otomobil üreticisi yüksek seradan kurtulamadı, bu yüzden aynı kaldı. Arka kısım, geri vites lambası alanı üzerinde kelebek benzeri şeffaf bir lens ile arka lambalar için farklı bir tasarım gösterdi.

İçeride, gösterge paneli, yolcu tarafının önünde açık bir depolama alanına sahipti. Aynı zamanda, sürücü, soğutma sıvısı sıcaklığı ve yakıt seviyesi için alışılmadık derecede büyük göstergelerle yanlarda hız göstergesi bulunan üç kadranlı bir gösterge paneli aldı. Atos, donanım seviyesine bağlı olarak orta konsolda bir ses sistemi ve bir klima ünitesi sunuyordu. Hyundai, HVAC kontrollerini stereonun altına yerleştirdi. Arkada, Hyundai 50/50 bölünmüş katlanır ve takla tezgahı tuttu.

Bir banliyö aracı olarak tasarlandığından, Hyundai standart olarak beş vitesli düz şanzımanla eşleştirilmiş yeni 1.1 litrelik benzinli bir motor takarken, dört vitesli otomatik bir seçenek olarak mevcuttu.